小児期の腹痛は、一時的な腸炎であることが多いという。
食事から下痢を起こすような病原体が入ることによって起きる。
腹痛と下痢があると腸炎と確定されるが、腹痛だけのこともあり、診療で見極めることが重要である。
冬期の下痢はノロウィルスなどを中心としたウィルス性の腸炎だが、夏季は、サルモネラ菌や病原性大腸菌などの細菌によることも多い。
治療の基本はビフィズス菌等の整腸剤の投与。
細菌性だと判断されたら、夏季は感染性腸炎用の抗生剤を追加することが多い。
また、腹部の同じところが度々痛むときには、何か形の上での病変（器質的疾患）があって起きることもある。
まれに幼児期には、膵胆管合流異常など先天的異常で起こる上腹部痛もある。
時に胆石などのこともあるので、上腹部痛があまりにも頻回に起こるようなら、まず簡単に行えて、苦痛がほとんどない腹部超音波検査を受けることをおすすめする。

腸炎などの一時的な腹痛が多い中、まれに胆石、胃十二指腸潰瘍などのこともある。
腹部超音波検査が非常に有用だが、感染性腸炎の場合、エコーで上部空腸が拡張して写り、小腸の腸管蠕動が亢進していることが多いという。
胆石や膵炎なども超音波検査で診断可能。 血液検査も行い、あまりにしつこい上腹部痛では上部消化管内視鏡検査（胃カメラ）が考慮される。
その際、鎮静剤を使用した胃カメラ、または鼻の穴から入れる管が細い経鼻胃内視鏡の選択が可能。
どちらもほとんど苦痛がなく、初めて受診する人にもおすすめだ。
胃潰瘍や十二指腸潰瘍のある人は、通常、ヘリコバクターピロリという菌の胃への持続感染がある。
ピロリ菌を持っている1000人のうち年間4人が胃がんになるといわれている。
除菌方法は、7日間朝夕2回内服薬を飲むだけ。
1回目の投薬で消えなかった場合、薬の内容を変えて再除菌（7日間）をすることもできる。
ピロリ菌の除菌は保険診療が可能なので、ぜひ、胃内視鏡検査とピロリ菌検査をおすすめする。
また右下腹部痛が急に起こると、急性虫垂炎のことがある。
そのままにしておくと化膿した虫垂が破れて、虫垂内の膿が腹の中に散ってしまうのが、虫垂穿孔性腹膜炎。
そうなると腸管が癒着したり、卵管などが癒着して不妊の原因になったりすることもある。
最近では抗生物質の効きが良くなったこともあり、初回はまず手術よりも、抗生物質投与で炎症を押さえ込むのが一般的である。

胃がん、大腸がん、それ以外のがんの3系統を意識する必要がある。
できるだけ腹部エコーをして、採血での肝腎機能検査、腫瘍マーカー検査もした方が良いという。
膵臓の左方などは胃の陰に隠れてエコーで見えないこともあり、怪しければ造影CTも追加する。
胃は、バリウムよりも上部内視鏡検査が早期のがんを見つけやすい。
初回の内視鏡検査でピロリ菌があった人は除菌も必要。
しかし、除菌が成功しても胃がんのリスクはゼロではないため、その後も年に1回の上部内視鏡検査が推奨されている。
これに対して感染がなかった人はリスクが低く、通常3年に1回の上部内視鏡検査でよいといわれている。
大腸については、下剤をかけて大腸ファイバーを肛門から回腸末端まで入れて調べるのが正式な検査だが、まずは年1回、日を替えて検便を2回行い、1回でも便に血が混じっていた人だけ大腸ファイバーをするという対応もある。
腹部手術を受けたことのある人の腹痛は、手術後小腸同士が勝手に癒着し、腸管の曲がりカーブが強いところができ、その部分に食材が塊となり詰まって起こる腸閉塞がある。
腸の張りが悪化すると腸管が破れる恐れが出て、開腹手術が必要となる場合も。
腹部手術の既往のある人は、詰まりやすいような海藻や野菜などはなるべく食べないか、小さく刻んで食べるようにするなどの注意が必要だ。