便潜血検査で陽性反応が出た場合、大腸内視鏡検査が必要となる。
ところが検査が陽性でも、内視鏡検査を受けていない人が多くいる。
実際、陽性になった人の精検受診率（内視鏡検査を受ける割合）は50％に過ぎず、いわゆる5大がんの中でも極端に低い。
検査を受けない理由として、「痔のせいにする」「面倒くさい（手間・時間がかかる）」「怖がり」「自分は大丈夫」などがあげられるが、実際に精検未受診者は受診者に比べて大腸がん死亡のリスクが5倍になるというデータもあり、大腸内視鏡受診率を高めることへの努力が、かかりつけ医にも求められている。
同院では、まず初めに問診や健康状態のチェックを行った上で、安全に検査できるかどうか判断する。
その上で検査予約をし、検査前の食事制限、常用薬休薬の必要性、下剤の飲み方、ポリープを切除した場合の注意点などについて詳しく説明して、安心して検査を受けてもらえるようスタッフ一同、日々努力している。

苦痛の少ない楽な内視鏡検査のポイントとして、同院では空気を入れずに腸を少しずつ短縮しながら内視鏡を進めていく、軸保持短縮法という挿入方法で検査を行っている。
この方法だと腸がほとんど伸びることがなく、痛みの原因となる腸のつっぱりが最小限ですむため、苦痛の少ない内視鏡検査が実現可能となる。
また、炭酸ガス送気装置を導入することで、従来の空気送気で認められていた検査後のお腹の張りも大幅に軽減されている（炭酸ガスは空気と違い、生体内では速やかに吸収されてなくなってしまう）。
さらに、希望によって検査前に少量の麻酔を注射し、うとうと眠りながら検査を受けることができる。
検査は通常20分（挿入5分、観察15分）で終わる。
検査後は、内視鏡で撮影した写真を見ながら検査の結果説明を行い、希望者には内視鏡写真のCD-Rを提供している。

同院では拡大内視鏡という、病変を瞬時に100倍まで拡大観察することが可能な内視鏡システムを導入している。
病変表面の模様を拡大して、詳細に観察することによって、良性なのか悪性なのか、悪性の場合は、根っこがどのくらい深いのかというところまで高い精度で判断ができ、内視鏡治療の適応の有無を決定することが可能だ。
内視鏡治療が必要と判断された場合、その場でスネアというワイヤの輪をポリープに引っかけて切除を行うことになる。
1個のポリープを切除するのに要する時間は5分程度、痛みは全くない。
内視鏡で見つかったポリープが大きくて、切除後に大出血の可能性がある場合や、すでにがん化し、がんが粘膜下に浸潤している可能性があるポリープは、入院治療の必要があるので、内視鏡の専門医がいる連携病院に紹介する。
便潜血検査が陽性にもかかわらず2年間放置していた患者で、内視鏡検査によって1㎝のポリープが見つかり、その場で切除し、早期の大腸がんと判明したケースもある。
早期だったので転移の心配もなかった。
このように内視鏡的にポリープを切除できた場合、そのあとは内視鏡検査を毎年する必要はなく、3年に1回の間隔で問題ないといわれている。

大腸がんのリスク因子として、年齢や性別、環境、遺伝子などがあるが、大腸がんを予防するという意味では、食物や生活習慣など環境因子との関係がよく取り上げられる。
促進因子として赤み肉（牛肉、豚肉、羊肉）、加工肉（ベーコン、ハム、ソーセージ）の過剰摂取、飲酒過多、肥満、喫煙など、抑制因子として運動、食物繊維、ニンニク、牛乳、カルシウム、コーヒーなどがあげられる。
ただし、「これらに気を付けたからといって100％大腸がんを防ぐことはできないので、定期的な健診が一番重要で、最大の予防法になる」と院長は指摘している。